I giardini nascono dal necessario recupero ambientale dopo la dismissione delle cave, i lavoratori del tempo riutilizzavano questi spazi per la semina di alberi da frutto destinati all'economia di sussistenza isolana. Venivano piantati sopratutto mandorle, carrubbe, limoni,arance e melograni. A volte si piantavano le palme per simboleggiare l'acqua richiamando la cultura del mondo arabo, e come in quel mondo oggi i giardini ipogei sono oasi incantate con cunicoli scavati sottoterra che sfociano in giardini lussureggianti. 

Grazie alla protezione dal vento data dalle alti pareti e con il contributo del sole siciliano, nell'isola si può esssere colti dal profumo di una zagara passegiando tra fossi squadrati figli del taglio sapiente della pietra e calette nascoste; è così che tra graffi e onde si sprigionano i profumi di piante rigogliose.

La storia della cave di calcarenite, denomitata improrpiamente "tufo", ha segnato anche l'architettura di Favignana, essendo stata per secoli utilizzata per la costruzione delle case dell'isola, dove la costruzione di scale ed archi divenne una vera forma d'arte.  Se passegiando per il porto noterete delle teste scolpite nel tufo restate per un minuto ad osservarle, la scultura del tufo è una delle più antiche tradizioni dell'isola, figlia di maestri artigiani che come per i giardini ipogei facevano nascere sentimenti nuovi da un blocco di pietra.